Если вы хотите разместить опенкарт не в корень домена, а в папку на домене. У вас нет необходимости редактировать файл .htaccess – это пережитки старых версий.
Начиная с версии 2.0 вы можете спокойной переносить файлы опенкарта в папку.
Далее вам необходимо настроить файлы конфига или запустить установщик (в случае установки).
Так же не забудьте поменять в базе url сайта, который находиться в таблице oc_setting.
Url стоит указывать с учетом директории в котором лежит опенкарт.
Пример
domain.com/opencart/